根据我现有的知识库信息，关于 PHPems 二次开发手册 的内容可能包括以下方面：

1、目录结构分析：
`app` 文件目录是程序的主要部分，每个文件夹是一个应用。
`core` 和 `user` 文件夹是核心部分，不可删除。
其他文件夹可以删除，基本互相不影响。

2、开发流程：
包括入口程序、系统类库与函数库调用、配置文件调用等。
可能涉及控制器扩展技巧、函数扩展等内容。

3、数据库结构：
分析数据库设计，便于开发者在二次开发中进行数据操作。

4、常见问题：
提供一些开发过程中可能遇到的常见问题及解决方案。

5、采集功能：
如果涉及到内容采集，可能会有相关的说明和实现方式。

如果你需要更具体的指导或文档内容，建议参考官方文档或相关技术博客（如 CSDN 博客）中的详细说明。如果需要进一步帮助，请告诉我！